Najcenniejsze obszary podlegają prawnej ochronie, stąd na terenie przyszłego Geoparku obok Wielkopolskiego Parku Narodowego, Parków Krajobrazowych takich jak Puszcza Zielonka, Promno, Lednicki, Powidzki czy Rogaliński wydzielono rezerwaty przyrody, obszary chronionego krajobrazu, obszary Natura 2000, pomniki przyrody, zespoły przyrodniczo -krajobrazowe oraz ochrony gatunkowej roślin, zwierząt i grzybów.